Vista del interior de la iglesia desde la entrada principal
Corría el año 1484 cuando se iniciaron las obras de esta nueva iglesia, Valencia de Alcántara había crecido tanto que la iglesia de Rocamador y la desaparecida de Santiago se habían quedado pequeñas para los actos litúrgicos. Hay que tener en cuenta que Rocamador tal y como la conocemos actualmente, aún no estaba construida, siendo entonces un pequeño templo dedicado a Santa María.
La Iglesia de la Encarnación está realizada en falsa cantería, de interior renacentista y con entrada principal en arco. Consta de tres naves longitudinales de bóvedas lisas, con cúpula sobre crucero y rematado en su exterior con una torre y una espadaña.
Destaca el retablo del altar mayor en el que se venera la imagen del Cristo de la Buena Muerte. Conserva dos retablos barrocos a los lados de la nave central, un púlpito de granito labrado con bellos relieves, de origen desconocido pero probablemente anterior al templo, y muchas y variadas lápidas sepulcrales en su pavimento.
Entre ellas destacan algunas por sus curiosas inscripciones, dibujos, escudos y sobre todo las 47 donde figura la inscripción «yag» con un punto dentro de la g que se leería «yago». Probablemente alude a su origen en la mencionada iglesia de Santiago, desde donde fueron trasladadas tras su demolición.
Las tres puertas de esta iglesia, la principal por la calle Duquesa de la Victoria, la puerta desde la calle Callita y la puerta desde la plaza del Ayuntamiento.